การปลูกกาแฟภายใต้ต้นไม้ใหญ่ที่ให้ร่มเงาในสภาพป่าตามธรรมชาติ ส่งผลดีต่อเมล็ดกาแฟที่เก็บเกี่ยวผลเชอรี่ได้ เพราะกาแฟมักชอบร่มเงา และการปลูกกาแฟใต้ร่มเงาจะไม่เป็นการทำลายที่ดินจากการได้รับแสงแดดมากเกินไป ทำให้ส่งผลดีต่อสิ่งแวดล้อมในบริเวณโดยรอบ การปลูกกาแฟแบบใต้ร่มเงาของต้นไม้นานาพันธุ์เป็นการรวมเอาหลักการของนิเวศวิทยาธรรมชาติเพื่อส่งเสริมความสัมพันธ์ทางนิเวศวิทยาตามธรรมชาติ
ในอดีต การปลูกกาแฟจะทำในร่มเงาของต้นไม้ภายในป่า (แบบวนเกษตร) ซึ่งเป็นที่อยู่อาศัยของสัตว์และแมลงทั้งหลาย ทฤษฎีนี้มักจะเป็นไปตามทฤษฎีแบบดั้งเดิม ในปัจจุบันเกษตรกรจำนวนมากได้เปลี่ยนไปใช้วิธีการปลูกต้นกาแฟแบบทันสมัย โดยการใช้แสงอาทิตย์ในการปลูกต้นกาแฟ ซึ่งต้นกาแฟจะถูกปลูกเรียงกันเป็นแถวอยู่ใต้แสงอาทิตย์โดยมีป่าร่มเงาเพียงเล็กน้อยหรือไม่มีเลย การปลูกแบบใหม่นี้ทำให้เมล็ดกาแฟสุกเร็วขึ้นและให้ผลผลิตมากขึ้น แต่การปลูกแบบดังกล่าวจำเป็นต้องตัดต้นไม้ ใช้ปุ๋ยและยาฆ่าแมลงจำนวนมาก